Клиника основана в 1924 году как научное подразделение Государственного бальнеологического института на КМВ. Продолжая развивать и расширять базу для проведения научных исследований по влиянию минеральных вод и лечебных грязей на различные группы больных, институт организовал в 1924 г. Железноводскую клинику с гастроэнтерологическим профилем. Инициатором создания и ее первым научным руководителем был профессор В.В.Владимирский.
Уже в первые годы деятельности Железноводской клиники ее сотрудниками были разработаны показания и противопоказания для направления больных на Железноводский курорт, исследованы пути питьевого и наружного применения минеральных вод. В первое десятилетие сотрудниками клиники разработаны практические рекомендации по внутреннему приему местных минеральных вод при заболеваниях органов пищеварения, обмена веществ, почек и мочевыводящих путей.
В годы Великой Отечественной войны в клинике функционировал госпиталь
В 1955 г. под редакцией профессоров А.А. Лозинского и А.М. Ногаллера вышло руководство «Основные принципы лечения больных на Железноводском курорте».
В 1962 г. в урологическом отделении исследовалась эффективность курортного лечения больных хроническим пиелонефритом, в том числе с единственной и единственно функционирующей почкой, больных с мочекаменной болезнью. Изучалась эффективность курортного лечения больных с аллотрасплантированной почкой, разработаны показания и противопоказания для применения курортных факторов.
В клинике проводились также исследования по проблеме восстановительного лечения больных - ликвдаторов аварии на Чернобыльской АЭС, решались проблемы больных с синдромом хронической усталости и коррекции дезадаптации.
